Usar SFTP en Zend Studio 9.0 y Ubuntu 12.04

Si el proyecto lo tienes en algún lugar remoto y lo vas a bajar a tu PC quizás te interese primero configurar SVN y luego el SFTP, seria de esta forma:
http://pleirb.blogspot.com/2012/08/svn-en-zend-studio-903.html

Esta herramienta incluye en el IDE esta funcionalidad y nos permite trabajar en un ambiente local y servidor o de producción al mismo tiempo. Es muy similar a al sistema de FTP en cuanto a su uso.
Es fundamental tener instalado el openssh-server en el servidor obviamente, de lo contrario no va a funcionar nada.
Del lado del cliente con ZendStudio instalado, se hacen las tareas de subir y bajar archivos de nuestro proyecto con SSH. Si ya tenemos un proyecto creado o hemos empezado uno de cero esta técnica nos sirve igual y consiste en hacer lo siguiente:

Hacemos clic derecho sobre el proyecto y nos vamos a las "Properties"
Seleccionamos: "Remote Server Suport" (como en la imagen)

• Debemos habilitar esta funcionalidad con: "Enable remote connection properties"
• En "Remote Connection" es probable que no tengamos nada definido, se hace con el boton "Manage" que voy a explicar luego.
• En "Project  Directory" va la ruta relativa a la definida, es decir, si yo configure en "Manage" una ruta como ser /home/miusuario/proyectox, y pongo / quiere decir que mi proyecto va a estar vinculado con la carpeta remota en /home/miusuario/proyectox/ . Ahora, si pongo /app/ la ruta va a ser en realidad: /home/miusuario/proyectox/app/
• UploadFiles, si lo ponemos en "On Save" va a guardar en nuestro proyecto local y remotamente por SSH al mismo tiempo contra la conexión que definimos.

Manejar conexiones remotas (botón Manage) 

Es bastante sencillo, debemos hacer clic en Add y seguir el asistente, nos va a pedir un nombre de host el tipo de conexión, ssh claro !
Al terminar el ayudante nos podemos mas finos con los datos y modificamos y agregamos lo que sea necesario. En "Initial Directory" va la ruta del proyecto o no, mucho cuidado con esto, porque esta ruta mas la que se define al principio en la ruta final y si nos equivocamos podemos hacer desastres, porque cuando finalicemos todos los asistentes, nos va a preguntar si queremos bajar todo lo que hay en el servidor a nuestro proyecto, cosa muy interesante si es lo que queremos pero si ya tenemos algo en nuestro trabajo local y hacemos esto nos puede hacer una mezcla de carpetas indeseable. Si es la primera vez y no te tienes mucha confianza te recomiendo hacer un respaldo antes, jaja a mi me paso.

Si todo sale bien, esto ya esta pronto y ahora se puede hacer clic derecho en cualquier archivo del proyecto o carpeta, luego "Remote Servers" y allí, subir o bajar del servidor sin problemas.